時間外労働等改善助成金(勤務間インターバル助成金)は、令和2年度に名称変更が入り働き方改革推進支援助成金(仮称)に名称変更が予定されています。
時間外労働等改善助成金の中の時間外労働上限設定コースと職場意識改善コースを統合・再編して、労働時間短縮・年休促進支援コース(仮称)が新規に出るようです。

勤務間インターバルコースと団体推進コースは継続予定です。

平成31年度(2019年度) 時間外労働等改善助成金(4コース)
(1)時間外労働上限設定コース
(2)職場意識改善コース
(3)勤務間インターバル導入コース
(4)団体推進コース

(1)(2)が統合再編予定です

令和2年度(2020年度) 働き方改革推進支援助成金(仮称)(3コース)
(1)労働時間短縮・年休促進支援コース(仮称)
(2)勤務間インターバル導入コース
(3)団体推進コース

働き方改革推進支援助成金(仮称)の併給等について
平成31年度に勤務間インターバルコースを実施したときは例年どおりであれば労働時間短縮・年休促進支援コースは受給できます

平成31年度に勤務間インターバルコースを実施しているときは令和2年勤務間インターバルコースは使えません、1回限りです。

労働時間短縮・年休促進支援コースと勤務間インターバルコースは同年度に同時実施はできないものと思われます。どちらかっ片方を選択することになるでしょう。おすすめは勤務間インターバルコースです。